Il Consiglio si compone di 16 membri, di cui: 7 rappresentanti della categoria agenzia di linea, 5 rappresentanti dell'agenzia tramp, e 4 mediatori marittimi. Fanno parte di diritto del Consiglio anche il Presidente uscente e il Presidente del Gruppo Giovani.

Il Consiglio è presieduto da un Presidente eletto dai consiglieri, rimanendo poi in carica due anni. Come organo esecutivo dell’ Associazione, ha il compito di deliberare su ogni argomento che sia sottoposto al suo esame.